dopo aver installato il pacchetto ubuntu, per farlo prendere a netbeans occorre:

1) aggiungere uno username valido /etc/tomcat7/tomcat-users.xml

<?xml version='1.0' encoding='utf-8'?>
<tomcat-users>
  <role rolename="manager-script"/>
  <role rolename="admin"/>
  <user username="USERNAME" password="PASSWORD" roles="manager-script,admin"/>
</tomcat-users>

2) modificare il layout della cartalla di installazione

sudo ln -s /etc/tomcat7/ /usr/share/tomcat7/conf

dare permessi di scrittura al utente di netbeans

sudo chown -R USERNAME:USERNAME /etc/tomcat7/
sudo chown -R USERNAME:USERNAME /usr/share/tomcat7/

meglio togliere da autostart il demone perchè lo deve poter riavviare netbeans

sudo update-rc.d tomcat7 disable 0123456

a questo punto si può aggiungere come server con

CATILNA_HOME=/usr/share/tomcat7